معاونت غذا و دارو در سال ۱۳۸۵ با ارتقا سطح از مدیرت دارو،غذا و آزمایشگاه به معاونت تبدیل و در حال حاضر با شش مدیریت فعالیت می نماید:

مدیریت نظارت بر امور دارو و مواد مخدر

مدیریت نظارت بر مواد غذایی، آرایشی و بهداشتی

مدیریت آزمایشگاه کنترل مواد غذایی، آرایشی و بهداشتی

و بسیج، روابط عمومی، انفورماتیک و حراست می باشد.